Normalerweise können BoarderZone Anwendungen „installiert“ werden, indem deren Auslieferungs-ZIP-Datei ausgepackt wird und die enthaltenen Startskripte ausgeführt werden.

Die Anwendungs-JAR-Dateien haben ihren eigenen classpath korrekt gesetzt, so dass sie alle benötigten Bibliotheken finden, ohne die Notwendigkeit, Umgebungsvariablen zu setzen um einen systemweiten classpath zu realisieren oder dergleichen.

Werden jedoch manuell Veränderungen an der so erzeugten Verzeichnisstruktur vorgenommen, so besteht die Möglichkeit, dass diese classpath Definitionen im Manifest der JAR-Datei nicht mehr korrekt sind. In einem solchen Falle ist geraten, die Anwendung erneut zu „installieren“, indem die Auslieferungs-ZIP-Datei erneut ausgepackt wird und das beschädigte Installationsverzeichnis damit ersetzt wird. Fortgeschrittene Anwender sind unter Umständen in der Lage, die fehlerhafte Verzeichnisstruktur manuell durch Vergleich mit der Struktur in der Auslieferungs-ZIP-Datei zu korrigieren.

Um herauszufinden, welche fehlenden Bibliotheken zu Problemen führen, kann es helfen, die Anwendung in einer Konsole zu starten, welche danach nicht gleich wieder verschwindet: dies wird im Normalfall den Namen der Bibliothek ausgeben, welche für den Fehler verantwortlich gemacht wird und kann daher Hinweise auf die Ursache des Problems liefern.